《新約：東方幻想殺》將延續前作《東方幻想殺》的設定，游戲中你將操作東方PROJECT與魔法禁書目錄的主要角色組成的臨時組合進行冒險。
作弊組：靈夢＋當麻：靈夢是照抄輝針城夢Ｂ，一如既往的小判定平衡型，而當麻的技能是低速時可以消掉身邊部份彈幕，這是一個可以把難度足足降低兩檔的機體，Ｌ變Ｎ，Ｎ變⑨。
魔炮組：魔理沙＋炮姐：沒有那張作弊符卡的輝針城魔Ｂ，炮姐高速是擴散型，低速是較寬的貫通型，直來直往，這一組是難度最高的，因為沒有作弊技，火力也其實不如時空組。
時空組：咲夜＋白井黑子：輝針城夜Ｂ加上道具掉較慢的特殊技，沒什麼可觀，而低速黑子是本作火力最強的，擊中敵人后還會再從板底產生直線貫穿彈再打一次，甚至可以在一些非符或符卡出大招（如ＥＸ道中ＢＯＳＳ非符）前完封。
三組自機都打通正篇以后，會解鎖第四組奇跡組。
奇跡組：早苗是星蓮船苗Ｂ，搭檔是苗Ａ加上低速射擊時春度（ＳＰ）收集快的特技，這一點讓這組人成為比作弊組更好混關的機體。
《新約.東方幻想殺》的畫風和東方正作一樣，游戲的系統比較復雜，妖妖夢Ｘ神靈廟的森羅結界，輝針城的獎勵機制，還有永夜抄Ｘ地靈殿的角色轉換，非常有趣。
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