《藍色戰車3D：秘密武器》去掉了嘈雜的雷電效果，恢復了原來的清爽風格，并加入了新的元素。在這個版本中，游戲開始時會有兩件自動武器擺在你面前，一件是激光炮，威力比較小，但射程很遠；另一件是火焰噴射器，威力大但射程近。你可以選擇一件裝備起來，讓它輔助你戰斗（一次只能選擇一件，未被選中的會消失）。如果你不喜歡這些自動武器，也可以摧毀它們，這樣可以得到一定的獎分（每個2500）。

在這個版本中，玩家坦克的防御力有所提高，可以承受更多的炮火。但敵人也更加強大，新增了一種狡猾的黑色坦克，它懂得“敵進我退”的原則，會努力與玩家保持一定距離以投擲榴彈。這種新坦克更難干掉，但擊中它會有更多的獎分。