《口袋妖怪：漆黑的魅影6.0》也可以說是神獸版，本版本有兩個個版本。分別是「新奧3主寵版」和「伊宿3主寵版」。兩個版本的唯一區(qū)別就是初始的精靈不同，且在對應(yīng)的版本里無法獲得另一版本的主寵。這個也是由于空位有限而無法同時加入這兩個地區(qū)的初始精靈，所以分為這兩個版本，玩家可以根據(jù)自己的喜好選擇版本。新的芳緣地區(qū)，新的敵人熔巖團(tuán)和水艦團(tuán)，新的人物，新的故事，新的神獸，新的雙主角。新增加了2V2的戰(zhàn)斗，增加了選美比賽和秘密基地。

更新內(nèi)容

1、追加了跳過通關(guān)動畫的選項。

2、利用了原本游戲中空閑的25個空位，使得精靈的數(shù)量從386增加到了411，并更新了一些精靈為DP或BW的新寵。

3、單機(jī)411化。

4、全部的神獸劇情捕捉。

5、技能的物攻特攻判定重新劃分，加入了DP和BW中的一些技能。

6、增強(qiáng)了重要訓(xùn)練師的PM及其配招。

7、追加了反轉(zhuǎn)世界的地圖。

8、追加了夢世界的地圖!

9、加入小智、渡、希羅娜和N的對戰(zhàn)：通關(guān)后開啟，可與小智、渡、希羅娜和N隨時進(jìn)行對戰(zhàn)。

10、追加了通關(guān)后與前冠軍大吾和副主角叢樹/小遙的再次戰(zhàn)斗。

11、追加了全部家具、樹果、技能機(jī)器、進(jìn)化石以及其他一些重要道具。